９月中旬にニンニクを掘ったところ（葉が青々していた）すごく元気な根だけになっていました。 ６月に根の周りを少し見たのですが、小さそうだったので、そのままにしていたのです。
このままでは、もう無理でしょうか？
普通は今頃の時期に植え付けをするんですよ。
だいたい９月下旬〜１０月上旬です。
そのまま年を越して、来年の５月頃に収穫します。
今の状況のまま栽培を続けるよりは新しく植えなおしたほうがいいと思います。
「にんにく」、「植え付け」で検索するとたくさんの情報がありますよ。
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